Статья: 55 лет Отделу экологии вирусов с Научно-практическим центром по экологии и эпидемиологии гриппа (Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России) (2024)

В первые 20 лет наступившего ХХI века практически ежегодно регистрировались вспышки вирусных инфекций. Становится все более ясным, что эпидемии смертоносных заболеваний будут возникать и впредь, до тех пор, пока человечество не изменит своего разрушительного отношения к природе. Возникает вопрос для дискуссии ‒ достаточно ли существующего арсенала противовирусных средств, чтобы противостоять
сложившейся неблагоприятной социально-экономической ситуации в мире?

Введение:

Респираторно-синцитиальный вирус крупного рогатого скота (Pneumoviridae: Orthornavirae, Or-thopneumovirus; Bovine respiratory syncytial virus, BRSV, Bovine orthopneumovirus) ‒ один из возбудителей респираторных заболеваний животных.
Актуально изучение частоты выявления агента у восприимчивых особей и его генетического разнообразия.

Цель работы:

Изучение частоты выявления вируса BRSV от больных животных методом ОТ-ПЦР и генетического полиморфизма изолятов на основе определения полной нуклеотидной последовательности гена гликопротеина G.

Материалы и методы:

Для выявления генома BRSV использовали последовательности участка гена гликопротеина F размером 381 п.н., а для филогенетического анализа ‒ полные нуклеотидные последовательности гена G. Филогенетические дендрограммы строили с использованием метода максимального правдоподобия в программе MEGA 7.0.

Результаты:

При вспышках массовых респираторных болезней РНК BRSV выявляли у животных всех возрастов в пробах легких, носовых выделений, слизистой оболочки трахеи, легочных лимфатических узлов.
В результате сиквенса получили полные нуклеотидные последовательности гена гликопротеина G размером 771 п.н. для 5 изолятов вируса и размером 789 п.н. для двух изолятов, нуклеотидное сходство между которыми составило 87‒100%. По результатам филогенетического анализа исследуемые изоляты отнесены к подгруппам вируса II и III, в каждую из которых вошли по два изолята соответственно.
Отдельную кладу образовал изолят K18, выделенный от животных, завезенных из Канады, а также образцы вакцин, содержащих аттенуированный штамм «375».

Заключение:

Геном вируса BRSV присутствовал у коров и нетелей в 20 и 14,3% случаев соответственно,
у телят в возрасте до 1 мес ‒ в 3,05%, у телят в возрасте от 1 до 6 мес ‒ в 6,7%. Полный анализ нуклеотидной последовательности гена G является полезным инструментом для изучения молекулярной эпизоотологии респираторно-синцитиальной инфекции крупного рогатого скота в конкретном регионе.

Введение:

Гепатит В является актуальной проблемой общественного здравоохранения во всем мире. На клиническое течение заболевания, особенно на его склонность к хронизации инфекции и развитию устойчивости к терапии, значительное влияние оказывают генотип и специфические мутации вируса гепатита В (ВГВ). С учетом сохраняющейся важности эпидемиологического контроля и профилактики заболевания, существует необходимость в простом, высокочувствительном и надежном методе секвенирования полного генома ВГВ.

Цель работы:

Создание и апробация амплификационной панели для полногеномного секвенирования ВГВ.

Материалы и методы:

В настоящей работе мы представляем амплификационную панель NGS, предназначенную для секвенирования генома ВГВ на платформе Illumina. Панель, состоящая из 54 праймеров, разделенных на 2 пула и амплифицирующих перекрывающиеся участки генома ВГВ длиной до 300 п.н., была апробирована на 246 образцах ДНК ВГВ, выделенных из крови.

Результаты:
Исследуемая выборка представляла собой широкое генотипическое разнообразие вируса, с выраженным преобладанием генотипа, характерного для Московского региона: 216 образцов были определены как генотип D, 27 – как генотип A, 2 – генотип B и 1 – генотип E. Пять образцов содержали по меньшей мере одну мутацию, связанную с устойчивостью к противовирусной терапии, в 23 образцах была найдена по меньшей мере одна мутация, связанная с ускользанием от поствакцинального ответа.

Заключение:

В работе детально изложены этапы проведения полногеномного секвенирования ВГВ, приведены лабораторный протокол, нуклеотидные последовательности используемых праймеров и подход к анализу полученных данных. На примере выборки клинических образцов показана состоятельность применяемой панели. Панель для секвенирования ВГВ обладает большим потенциалом для использования в научных исследованиях, эпидемиологическом мониторинге и развитии методов персонализированной медицины.

Введение:

Открытие двух типов вируса ЭпштейнаБарр (ВЭБ) ‒ ВЭБ-1 и ВЭБ-2 ‒ стимулировало изучение их распространенности в популяциях и связи со злокачественными опухолями.

Цель исследования:

Изучить персистенцию ВЭБ-1 и ВЭБ-2 среди этносов России, проанализировать
ПЦР-продукты гена LMP1 в изолятах вируса и оценить вклад типов ВЭБ в заболеваемость злокачественными новообразованиями.

Материалы и методы:

Изоляты ВЭБ, амплифицированные из смывов ротовой полости представителей
республик Адыгея, Калмыкия, Татарстан и Московской области (МО), изучали методом гнездной ПЦР на принадлежность к ВЭБ-1 и ВЭБ-2. Ампликоны LMP1, полученные с помощью ПЦР в реальном времени из ДНК вирусных изолятов, подвергали классификации и секвенированию на автоматическом секвенаторе ДНК ABI PRISM 3100-Avant (США), а результаты секвенирования анализировали с помощью программ Chromas 230 и Vector NT (Invitrogen, США). Достоверность полученных данных оценивали с помощью статистических пакетов Statistica for Windows 10.0.

Результаты:

Показатели распространенности ВЭБ-1 и ВЭБ-2 у представителей четырех этносов сравни-
вали с уровнями заболеваемости некоторыми опухолями у населения трех республик и МО. Доминирующая персистенция трансформирующего in vitro ВЭБ-1 у представителей Татарстана и МО коррелировала среди населения этих территорий с высокой заболеваемостью раком желудка и лимфомами. Напротив, преобладающее инфицирование не трансформирующим in vitro ВЭБ-2 представителей Адыгеи и обоими
типами вируса примерно у одинакового процента представителей Калмыкии коррелировало с более низкой заболеваемостью вышеуказанными опухолями населения этих республик. Различия между показателями заболеваемости указанными новообразованиями в сравниваемых этнических популяциях были статистически недостоверными (р > 0,05). Обнаруженные варианты LMP1 не отражали ни уровень персистенции типов ВЭБ, ни частоту возникновения опухолей.

Заключение:

Инфицированность этносов ВЭБ-1 и ВЭБ-2 может существенно различаться под влиянием
разных ф

Основная цель настоящей работы заключалась в определении особенностей циркуляции разных вирусных респираторных патогенов в период эпидемического сезона 2022–2023 гг. на фоне продолжающейся эволюционной изменчивоcти вируса SARS-CoV-2.

Материалы и методы:

В статье использованы методы, применяемые в «традиционном» и «госпитальном» эпидемиологическом надзоре за ОРВИ.

Результаты и обсуждение:

На фоне относительно низкой активности SARS-CoV-2 и его новых вариантов период с октября 2022 г. по сентябрь 2023 г. характеризовался ранней и высокой активностью вируcа гриппа A(H1N1)pdm09 (ноябрь–декабрь), на смену которому пришел вирус гриппа В (январь–март); активность вируса гриппа A(H3N2) была крайне низкой.

По антигенным свойствам популяции эпидемических штаммов были близкородственны вирусам, входившим в состав гриппозных вакцин и рекомендованных экспертами Всемирной организации здравоохранения для текущего сезона в странах Северного полушария.

Подтверждена эффективность вакцинопрофилактики гриппа у привитых (75,0%). Все изученные штаммывирусов гриппа A(H1N1)pdm09, A(H3N2) и В сохранили чувствительность к препаратам с антинейраминидазной активностью.

Структура и долевое участие других возбудителей ОРВИ по сравнению с предыдущим сезоном несколько изменились: выявлена тенденция к росту активности HAdV и HMPV, практически равнозначная активность HRsV, HRV, HCoV и HBoV и снижение активности HPIV.

При этом частота других возбудителей ОРВИ не достигла показателей предпандемического по COVID-19 периода. Дано обоснование актуализации состава гриппозных вакцин для стран Северного полушария в сезоне 2023–2024 гг.

Арбовирусные инфекции, передающиеся человеку в основном через членистоногих переносчиков, представляют собой значительную глобальную угрозу здоровью населения. Арбовирусы, такие как вирусы денге, Зика, чикунгунья и Западного Нила, продолжают вызывать широкомасштабные вспышки заболеваний, что требует применения современных средств диагностики.

Новые технологии, такие как «Лаборатория на чипе» (LOC), «Лаборатория на диске» (LOAD), микрофлюидические аналитические устройства на бумажной основе (µPADS), иммунохроматографический анализ (ИХА), CRISPR-CAS 12/13, кварцевые микровесы (QCM) и нанотехнологии, оцениваются с точки зрения их потенциала для улучшения диагностики арбовирусов, поскольку они предлагают быстрые, точные и точечные решения. Кроме того, выявление надежных биомаркеров, включая воспалительные цитокины, антитела, продукты активации эндотелия и индикаторы повреждения тканей или органов, имеет решающее значение для лучшего понимания патогенеза заболевания, прогноза и ответа на лечение.

Всесторонний анализ потенциальных методов диагностики и биомаркеров арбовирусных инфекций проливает свет на развивающиеся стратегии борьбы с этими значимыми для медицины заболеваниями, что в конечном итоге способствует повышению эффективности надзора, диагностики и лечения во всем мире.

Вирусы герпеса человека 6А и 6B (ВГЧ-6А и ВГЧ-6В) являются убиквитарными патогенами. Спектр клинических проявлений инфекций, вызванных ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, достаточно широк. Современные представления о ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, включая их хромосомноинтегрированную форму, являются основой для создания системы эпидемиологического мониторинга ассоциированных с данными вирусами инфекций. В статье затрагиваются вопросы эпидемиологии и диагностики инфекций, вызванных ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, в том чиcле у
пациентов после трансплантации солидных органов и аллогенных гемопоэтических стволовых клеток.