Основной целью настоящей статьи является описание применения метода организационного баланса к диагностике и оценке состояния организации научных исследований в современном российском университете. Несмотря на широкое распространение взгляда на современный университет как исследовательский, только относительно небольшая часть университетов смогла освоить непротиворечивые формы организации образовательной и исследовательской деятельности. В большинстве университетов существует не только нехватка ресурсов на научные исследования, но и очевидное доминирование образовательной деятельности как ресурсопорождающей над научной во всех возможных формах, что приводит к замораживанию процессов реорганизации образовательных программ и отдалению от решения реальных проблем. Авторы видят выход из создавшегося положения в более активном экспериментировании с новыми автономными, междисциплинарными и сетевыми формами организации взаимодействия образования и науки в университете.