Предпринимательский сектор в условиях рыночной экономики становится важнейшей движущей силой инновационного развития. Это связано с тем, что в условиях конкурентной борьбы для обеспечения максимального прироста прибыли предприниматель вынужден производить более сложную, инновационную продукцию. Таким образом, предпринимательство является «акселератором» инновационной активности. В связи с этим в последнее время особое внимание стало уделяться деятельности инновационного предпринимательства. Результаты исследований позволили заключить, что на данный момент существует ряд проблем, которые препятствуют развитию инновационных организаций. Соответственно, наличие таких проблем сдерживает развитие экономики в инновационном направлении. Особенно актуально идентифицировать данные проблемы в настоящее время, когда инновационная деятельность стала входить в перечень основных приоритетов государства. Цель работы заключается в выявлении проблем развития инновационного предпринимательства на региональном уровне, а также определении направлений их решения. Методология исследования предполагает использование различных научных приемов: от общенаучных до специальных. Особое внимание было уделено методам экономической социологии (экспертному опросу). Научная новизна исследования состоит в разработке инструментария, позволяющего выявить проблемы развития инновационных организаций на региональном уровне. Практическая значимость исследования заключается в том, что на основе выявленных проблем были предложены направления их решения, которые могут быть взяты на вооружение представителями органов региональной власти в целях совершенствования проводимой в регионе инновационной политики.