Целью исследования было изучение разнообразия микробного сообщества в биотопах соленого щелочного озера Зун-Торей, расположенного в Юго-Восточном Забайкалье. Исследование таксономической структуры изученных биотопов показало, что на уровне доменов преобладают бактерии до 99 %, а доля архей составляла 1–4 %. Архейное разнообразие было отмечено в обоих биотопах, но представителей архея было больше в донных осадках — до 4 %, также как и неклассифицированных представителей филумов — до 7 %. Доминирующими филумами в обоих биотопах были Bacteroidota (30 % и 43 %), Actinobacteriota (31 % и 19 %), Proteobacteria (13 % и 15 %), Firmicutes (12 % и 17 %) в донных осадках и высолах соответственно. В целом выявлено высокое сходство в разнообразии микробных сообществ и распространении доминирующих таксонов в изученных биотопах соленого щелочного озера Зун-Торей.