Статья посвящена проблеме финансирования инновационной деятельности в Российской Федерации. В статье проведен анализ источников финансирования инноваций в разрезе отдельных видов экономической деятельности. По результатам исследования сделаны выводы о том, что в масштабах экономики в целом процесс финансирования инноваций в период 2012-2017 гг. имел ярко выраженную тенденцию снижения доли собственных средств предприятий, тогда как доля средств федерального бюджета и прочих источников увеличилась, что свидетельствует о привлечении новых источников к финансированию инноваций. В последующем позитивная тенденция роста доли бюджетных средств, как источника финансирования инноваций, не получила развитие. Повышение эффективности механизма финансирования инноваций должно осуществляться на основе изменения роли банковской системы страны, основной задачей которой становится финансовое обеспечение инновационных проектов с длительным периодом окупаемости, имеющих коммерческие перспективы. Для проектов социальной направленности и обеспечения обороноспособности государства необходимо бюджетное финансирование