Неоднородность национального социально-экономического пространства предполагает оценку региональных особенностей откликов инновационной деятельности на локализованные совокупности разнообразных ресурсов, способствующих ее активизации. Одним из важнейших ресурсов в составе этих совокупностей являются институциональные условия на соответствующей территории, разнообразие которых при данной степени технологического и экономического развития могут давать разные результаты. Данные положения послужили основанием для настоящего исследования, цель которого заключается в обосновании проявления различных институциональных эффектов, возникающих в регионе, и оценке их влияния на инновационное развитие. В данном исследовании под институциональными факторами авторы понимают: научно-образовательный потенциал, уровень бюрократии как одного из следствий локальной специфики управленческих воздействий, уровень криминогенности, предпринимательскую активность. Предметом исследования выступают институциональные эффекты, возникающие в результате действия институциональных факторов, влияющих на инновационное развитие российских регионов. Целью является оценка влияния институциональных эффектов - научно-образовательной среды, предпринимательского, криминогенного и бюрократического - на уровень инновационного развития регионов. В качестве информационной основы использовались панельные данные по 83 субъектам РФ за 2000-2020 гг. Особенностью исследования является применение метода квантильных регрессий. В результате исследования для всех групп регионов выявлено положительное влияние эффектов научно-образовательной среды и предпринимательства, отрицательное - бюрократического эффекта. Для 80% регионов подтверждена обратная U-образная зависимость между криминогенным эффектом и инновационной активностью. Установлено, что для регионов с низким уровнем инновационной активности более значимо качество институтов и развитие малого предпринимательства, чем для регионов - инновационных лидеров.